Lors de la prise de la ville, Enée quitta Troie en flammes avec un groupe d'amis en portant son père sur son dos et tenant son fils Ascagne par la main. Il tenta d'emmener sa femme Créuse, fille du roi Priam, mais elle fut séparée de lui et tuée , il ne put la sauver. Les dieux lui ordonnèrent de continuer son chemin sans elle. Il emporta les lares (divinités, génies, esprits des ancêtres) et les pénates (divinités protectrices chargées de veiller sur le foyer). 
Accompagné de son fils, de son père et d'un groupe de Troyens, il traversa Troie ravagée par un incendie. Le groupe arriva au port et Enée s'embarqua avec ses compagnons, son père et son fils. Il avait désormais une mission : fonder une nouvelle cité.
Troyens
Enée
Enée fuyant Troie (1598)
 par  Frédérico Barocci (1528-1612).
Galerie Borghèse , Rome.
Voyage
Il voyagea à travers la Méditerranée et connut bien des épreuves. Ce voyage fut comparable à celui d'Ulysse : un dangereux périple à travers la Méditerranée. Mais Ulysse retourna dans son royaume tandis qu' Enée dut fonder une nouvelle cité. Enée fut soutenu par sa mère Aphrodite.
Au cours d'un voyage mouvementé décrit dans l'Enéide, il établit de solides liens d'amitié avec le pilote de son navire, Palinure, avec Achate, dont la fidélité devint proverbiale, et avec bien d'autres Troyens. Il fit escale en Thrace, passa par Délos, puis arriva en Crète. Pendant plus de sept ans, il erra ensuite sur la mer à la recherche d'un rivage pour l’accueillir, bravant les tempêtes et la colère des divinités, en particulier celle d'Héra. 
Sur le point de toucher les côtes d'Italie, après avoir fait étape en Sicile, à Drépanon, où le vieil Anchise mourut, les navires d'Énée furent rejetés brusquement par une tempête sur la côte africaine, près de Carthage. 
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